Nhằm đảm bảo quản lý chặt chẽ công tác hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính đã có công văn số 13822/BTC-TCT ngày 02/10/2015 về việc quản lý đúng quy định pháp luật chi hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) và công văn 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn sửa đổi, bổ sung công văn số 10492/BTC-TCT và công văn số 13822/BTC-TCT, tuy nhiên quá trình thực hiện phát sinh một số vướng mắc. Mặt khác, Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 quy định về áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế đã có hiệu lực thi hành từ ngày 10/2/2016. Ngày 14/3/2016, Bộ Tài chính đã có công văn số 3357/BTC-TCT về việc quản lý chi hoàn thuế GTGT theo đúng quy định của pháp luật. Nội dung công văn này, bên cạnh việc triển khai thực hiện quy định về quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT đã quy định tại Thông tư 204/2015/TT-BTC nêu trên còn tập trung tháo gỡ vướng mắc trong việc thực hiện hoàn thuế GTGT cho NNT đó là: bãi bỏ quy định nêu tại các điểm 1, 2, 4 và 5 của công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 về việc hướng dẫn sửa đổi, bổ sung công văn số 10492/BTC-TCT và công văn số 13822/BTC-TCT của Bộ Tài chính; Bãi bỏ quy định nêu tại điểm 3 thứ hai (“Thực hiện…pháp luật”) và các điểm 4, 5, 6 của công văn số 13822/BTC-TCT ngày 02/10/2015 về việc quản lý đúng quy định pháp luật chi hoàn thuế GTGT. Theo đó, kể từ ngày công văn 3357/BTC-TCT được ký ban hành sẽ:
1. Bãi bỏ quy định giám sát ưu tiên chi hoàn thuế tại điểm 1, 2, 5 tại công văn 18832/BTC-TCT và điểm 5 công văn 13822/BTC-TCT. Tổng cục Thuế chuyển sang giám sát hồ sơ giải quyết hoàn thuế đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế GTGT theo quy định tại Điều 23 Thông tư số 204/2015/TT-BTC ngày 21/12/2015 của Bộ Tài chính, theo đó, quy định Tổng cục Thuế có trách nhiệm giám sát hồ sơ hoàn thuế có đủ điều kiện ban hành Quyết định hoàn thuế trong thời hạn 6 giờ làm việc.
2. Bãi bỏ quy định yêu cầu doanh nghiệp phải nộp số tiền thuế còn nợ trước khi được hoàn thuế tại điểm 4 công văn 13822/BTC-TCT. Như vậy, NNT sẽ tiếp tục được bù trừ số thuế còn nợ với số tiền thuế được hoàn theo hướng dẫn tại Điều 59 Thông tư 156/2013/TT-BTC.
3. Chuyển cơ chế kiểm tra trước khi hoàn thuế sang kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp rủi ro thấp để tạo thuận lợi hơn cho doanh nghiệp nhưng vẫn phải đảm bảo quản lý chặt chẽ hoàn thuế GTGT, theo đó bãi bỏ điểm 4 công văn 18832/BTC-TCT. Bên cạnh đó, cơ quan thuế vẫn phải áp dụng các biện pháp nghiệp vụ như phối hợp cơ quan hải quan, biên phòng, công an, ngân hàng… quản lý chặt chẽ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp nhằm ngăn chặn các hành vi gian lận, chiếm đoạt tiền hoàn thuế GTGT của nhà nước./.